蛋白质折叠的并行预测方法-国家洁净能源知识产权运营中心

专利号	CN201410798385.0	申请日	2014/12/18
公开（公告）号	CN105787292B	授权公告日	2018/12/7
主分类号	G06F19/16	分类号	G06F19/16
申请号	CN201410798385.0	专利类型	发明
发明（设计）人	李国辉; 沈虎峻; 张鼎林
申请（专利权）人	中国科学院大连化学物理研究所
摘要：本发明涉及蛋白质折叠的并行预测方法，包括以下步骤：不同的蛋白质结构通过分子动力学模拟得到；设定不同温度，通过副本互换得到更多不同构象的蛋白质结构；采用共轭帽分子分割法对不同构象的蛋白质结构进行分割，将每个氨基酸从蛋白质中分解出来，并且给每个氨基酸分子碎片带上共轭帽；通过量子力学软件计算分子碎片的静电势，从而拟合出每个氨基酸分子碎片中各原子的电荷，并更新分子力场中的原子电荷。本发明为了研究蛋白质折叠问题，将上述考虑蛋白质极化效应的方案和基于副本互换的方法有机结合起来，从而克服动力学模拟中的原子相互作用势和取样技术这两大难题，以期能在蛋白质折叠模拟中获得比较好的效果。